Narodil se 26. listopadu 1978 v Plzni. Vystudoval Filozofickou fakultu Západočeské univerzity v Plzni a Fakultu sociálních věd Karlovy univerzity v Praze. V roce 2006 obdržel doktorský titul z oboru politologie na Západočeské univerzitě v Plzni.
Marek Ženíšek je autorem či spoluautorem několika knih a odborných textů a do září 2009 byl vědeckým tajemníkem České společnosti pro politické vědy. Od roku 2003 přednáší na Katedře politologie a mezinárodních vztahů Fakulty filozofické Západočeské univerzity v Plzni.
V roce 2007 začal Marek Ženíšek působit na ministerstvu spravedlnosti, od roku 2008 jako náměstek ministra, resp. ministryně.
V červnu 2009 se stal členem Přípravného výboru TOP 09. Na Celostátním ustavujícím sněmu strany, konaném 27. a 28. listopadu 2009, byl zvolen místopředsedou TOP 09. Na 2. celostátním sněmu TOP 09, který se konal ve dnech 22.-23. října 2011 v Hradci Králové, funkci místopředsedy TOP 09 obhájil. Jako místopředseda strany měl ve své gesci zahraniční vztahy TOP 09.
V krajských volbách na podzim roku 2012 byl zvolen členem zastupitelstva Plzeňského kraje. Nicméně v součinnosti s pozicí náměstka ministra zdravotnictví se rozhodl na funkci zastupitele rezignovat. Ve funkci 1. náměstka ministra zdravotnictví Leoše Hegera působil od začátku roku 2012 do srpna 2013. Zabýval se především tématikou ekonomického řízení jak samotného ministerstva zdravotnictví, tak jejích přímo řízených organizací. Stál u zrodu a vytvořil institucionální prostor pro dlouhodobý projekt Reforma psychiatrie v ČR.
Podle místopředsedy TOP 09 Marka Ženíška povede bombardování Sýrie Ruskem k větší vlně uprchlíků a nepřímo tak i k větší podpoře Islámského státu. V rozhovoru se také vyjadřuje k prezidentu republiky a odkazuje na dobrou kondici TOP 09, která sbírá síly na krajské a senátní volby v příštím roce.
Místopředseda TOP 09 Marek Ženíšek se v Bělorusku v rozhovoru o prezidentských volbách v Bělorusku hovoří o své zkušenosti pozorovatele OBSE. Dle poslance TOP 09 byly výsledky voleb předem jasné, nicméně ani diktátor si nedovolí odmítnout pozorovatele.
"Trváme na tom, že Česká republika musí být solidární a pomáhat v současné migrační krizi. Zároveň je nutné vyžadovat dodržování práva a pravidel. Platné zákony musíme dodržovat my, naši sousedé i ti, kteří k nám přicházejí," říká místopředseda TOP 09 Marek Ženíšek.
"Odmítnutí kvót, efektivní kontrola vnějších hranic, dodržování již platných pravidel či zřízení takzvaných hotspotů jsou opatření, po kterých voláme již od ledna tohoto roku a vláda má v tomto směru naši podporu," říká místopředseda TOP 09 Marek Ženíšek.
Polovinu volebního období prezidenta Miloše Zemana podrobil drtivé kritice poslanec a místopředseda TOP 09 Marek Ženíšek. V rozhovoru mimo jiné uvádí, že hulvátský slovník páté cenové skupiny je to nejmenší, co mu na něm vadí.
Nemohou slova Miloše Zemana namířená proti Islámskému státu vyvolat nebezpečné kroky vůči naší republice? A nevrací se doba ostnatých drátů na hranicích? I o tom byla řeč s poslancem a místopředsedou TOP 09 Markem Ženíškem.
Místopředseda TOP 09 a poslanec Marek Ženíšek v rozhovoru upozorňuje na nezbytnost vnější ochrany hranic Evropské unie a obává se možných důsledků rozpadu schengenského prostoru.
Projev Marka Ženíška na 30. mimořádné schůzi Poslanecké sněmovny dne 18. 6. 2015. ,,TOP 09 je v souladu s vládou v tom, že zavedení povinných kvót problém neřeší, naopak je tu vzácná shoda napříč politickým spektrem´´, říká ve svém projevu místopředseda TOP 09 Marek Ženíšek.
Předsedou TOP 09 Plzeňského kraje byl krajským sněmem zvolen v sobotu 20. června Petr Suchý (TOP 09). Šestatřicetiletý ředitel softwarové firmy a zastupitel města Plzně, který v Plzeňské TOP 09 doposud zastával funkce místopředsedy krajského výboru a volebního manažera tak v následujícím volebním období vystřídá dosavadního krajského předsedu a současného místopředsedu TOP 09 Marka Ženíška.
Marek Ženíšek jako host Ranního interview Radiožurnálu v rozhovoru na téma jmenování Pavla Kříže do čela Vojenské policie.
