Fyzické vrácení původního majetku je primární metodou zmírňování majetkových křivd, která byla preferována i v restitučních zákonech v 90. letech. Proto byla logicky zvolena i v případě majetkových křivd spáchaných na církvích. Jelikož dnes již není možné vydat veškerý původní majetek církví (ten, který patří obcím, krajům, fyzickým a právnickým osobám), muselo být naturální vydání doplněno finanční kompenzací.
Seznam konkrétních pozemků, které budou církvím a náboženským společnostem vydány v současnosti neexistuje. Pro účely vytvoření zákona o majetkovém vyrovnání nebyl seznam konkrétních pozemků nutný. Podstatné bylo zjištění celkové výměry původního církevního majetku.
Existuje však souhrnný materiál, který obsahuje výměry původního církevního majetku v jednotlivých katastrálních územích s rozdělením na jednotlivé druhy pozemků (lesní půda, zahrady, rybníky atd.).
Do tohoto rozsahu není započítán majetek, který církve a náboženské společnosti již nyní vlastní.
K tomu, aby konkrétní státní pozemek mohl být vydán, musí být splněna řada podmínek, a to:
a) oprávněná osoba (církevní subjekt) si o něj musí požádat,
b) bude nutné prokázat, že oprávněná osoba pozemek skutečně vlastnila v rozhodném období (25. 2. 1948 - 1. 1. 1990) a že tento pozemek přešel na stát v důsledku majetkové křivdy (viz § 5 návrhu zákona),
c) pozemek nespadá do některé z výjimek, které zabraňují vydání (např. byl po zestátnění zastavěn, je na něm sportovní hřiště, plánuje se na něm veřejně prospěšná stavba atd. - viz § 8 návrhu zákona).
V tuto chvíli nelze hodnověrně stanovit, které pozemky všechny tyto podmínky splňují. To bude možné až po prověření všech podmínek u každé jednotlivé položky v rámci vydávacího řízení. Také nevíme, o jaké pozemky si sami církve požádají. Proto není možné nyní vytvořit seznam jednotlivých nemovitostí, které budou církvím vráceny.
Seznam vydávaného majetku se tedy bude vytvářen postupně tak, jak budou jednotlivé položky prověřovány a vydávány.
K odhadu pražského arcibiskupství (arcibiskupa Berana) z roku 1948:
Tento dokument je datován na 26. únor 1948, tedy den po komunistickém převratu. Jedná se o aproximativní, tedy přibližný, odhad pražského arcibiskupství. Nejedná se v žádném případě o soupis majetku dle zákona č. 142/1947 Sb., o revisi první pozemkové reformy (ostatně arcibiskup Beran také žádnou revizi pozemkové reformy neprováděl, to byla záležitost státních orgánů). Údaj se uvádí za celou římskokatolickou církev jako celek, bez bližší specifikace. Neopírá se o údaje z pozemkových knih. Vzhledem k tomu nelze odhad nijak ověřit. I okolnosti jeho vzniku zpochybňují hodnověrnost v něm uváděných údajů.
K povaze zmiňovaného "soupisu" viz výše. Údaje o rozsahu historického církevního majetku pro zákon o majetkovém vyrovnání vycházejí přímo z pozemkových knih. Tyto údaje byly dále konfrontovány s údaji od dotčených státních orgánů a podniků (zejména Pozemkového fondu ČR a Lesy ČR) a ověřovány ve spolupráci s Národním archivem. Výsledky archivního šetření jsou zveřejněny na internetových stránkách Ministerstva kultury.
Nejedná se o odluku ve významu, který dalo tomuto pojmu 19. století a začátek 20. století. To by znamenalo např. zrušení církevních škol či duchovní služby ve věznicích. Takovou odluku ostatně žádný stát ve střední a východní Evropě neprovedl.
V souvislosti se zákonem o majetkovém vyrovnání se hovoří o finanční odluce státu a církví. To znamená zrušení systému přímého financování církví ze státního rozpočtu (zejména hrazení platů duchovních). Příspěvky na opravu kulturních památek se poskytují všem vlastníkům kulturních památek jako kompenzace za jejich omezení dané veřejným zájmem na ochraně kulturní památky. Nelze tudíž některé vlastníky diskriminovat a tuto kompenzaci jim neposkytnout.
V současnosti stát poskytuje finanční prostředky na základě zákona č. 218/1949 Sb., o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností, 17 církvím a náboženským společnostem. V roce 1949, kdy zákon o hospodářském zabezpečení církví vstoupil v platnost, se to týkalo duchovních 10 církví. K dnešnímu dni jde o finanční náklady - i díky Deklaraci shody uzavřené mezi Ministerstvem kultury a církvemi- ve výši 1,4 miliardy Kč. Bez této deklarace by byly o něco vyšší. Pokud nebude zákon přijat, tak tato deklarace přestane platit a církve budou požadovat finance na aktuální stav duchovních. K tomu se musí připočítat i nároky církví dalších, neboť zaregistrováno je dalších 16 církví. V roce 2015 může nárokovat státní finance na úhradu platů duchovních dalších 9 církví a náboženských společností. Přitom návrhy na registraci podávají další církve a náboženské společnosti. Dle střízlivých odhadů tak mohou náklady na platy duchovních v roce 2015 činit 1,6 mld. Kč a v roce 2030 to může být až 2,6 mld. Kč.
Z dlouhodobého hlediska budou při zachování stávajícího systému financování církví státní náklady stále růst. Majetkové vyrovnání naproti tomu umožní státu během 30 let svůj stávající mandatorní výdaj snížit až k nule.
V právním řádu ČR neexistuje pojem "veřejné vlastnictví", vlastnické právo je pouze jedno, čl. 11 odst. 1 Listiny základních práv a svobod uvádí: "Vlastnické právo všech vlastníků má stejný zákonný obsah a ochranu."
Církevní subjekty byly vždy zapsány v pozemkových knihách jako vlastníci. Církevní majetek byl zahrnut do všech pozemkových reforem. Státní majetek byl přitom pozemkových reforem vyloučen. Stát platil za vyvlastněné pozemky církvím náhradu stejně jako jiným vlastníkům, Komunistický režim vlastnictví církví také uznával. Na církevní majetek byly vydávány rozhodnutí o vyvlastnění, s církevními subjekty byly uzavírány kupní a darovací smlouvy. Ústavní soud opakovně potvrdil historické vlastnictví církevních subjektů. V některých případech pak Ústavní soud přímo rozhodl, že vlastnické právo církevních subjektů nezaniklo a majetek má být proto těmto subjektům vydán (případ strahovských premonstrátů či farnosti Heřmanovice).
Více k otázce vlastnictví církevního majetku, včetně posudků odborných právnických pracovišť lze nalézt na internetových stránkách Ministerstva kultury - zde.
Navrhovaný zákon o majetkovém vyrovnání nedává žádné církvi více práv k majetku než jiným vlastníkům. Církve tak nejsou žádným způsobem privilegované, naopak už více než 20 let čekají, až stát splní své sliby dané v 90. letech. Navrhovaný zákon rovněž nijak neřeší otázku platnosti kanonického práva, Vámi citované rozhodnutí Nejvyššího správního soudu bude samozřejmě nadále platit.
Výčtové zákony řešily především vrácení budov klášterů, aby mohly řeholní řády vůbec působit. Vrátily se tak často zdevastované budovy, které se společným úsilím církve, obcí, krajů a státu podařilo alespoň částečně zrenovovat. Výčtové zákony byly chápány jako provizorium a vůbec nevracely hospodářský majetek, který v minulosti sloužil k financování klášterů a dalších církevních aktivit. Předpokládalo se, že takový zákon bude brzy přijat, to se však dosud nestalo.
Nyní je původní církevní majetek blokován pro budoucí vypořádání podle zákona o půdě. To v praxi znamená, že o něj příslušné státní instituce, které s ním hospodaří, příliš nestarají. Týká se to zejména hospodářských budov, které chátrají, a zemědělské půdy. Škody na tomto majetku se každým rokem zvětšují. Současný stav, kdy už více než 20 let není církevní majetek vypořádán, je podle nálezu Ústavního soudu protiústavní. Další trvání tohoto stavu tak působí velké újmy v chápání České republiky jako ústavního státu, nehledě na hrozbu vlny žalob církevních subjektů na vydání jejich historického majetku. I těmto škodám a újmám má navrhovaný zákon zabránit.
