Nejprve je návrh zákona schválený Komisí uveřejněn a předán institucím, které jsou oprávněny o něm jednat. O legislativním návrhu zpravidla jedná Rada, Evropský parlament, Hospodářský a sociální výbor a Výbor regionů.
Projednávání legislativního návrhu bývá formálně zahajováno v obou klíčových institucích - Radě i Evropském parlamentu - zároveň. V praxi ovšen bývá dříve první čtení realizováno v parlamentu, kde projednávání návrhu začíná přidělením zpravodajů z výborů, které k němu meritorně přísluší. Po hlasování ve výboru jde návrh na plénum, které o završení prvního čtení rozhoduje prostou většinou.
První čtení legislativního návrhu v Radě spočívá (podobně jako v Evropském parlamentu) v přidělení textu nižším funkcionálním jednotkám. Konkrétně jde o pracovní skupiny a odborné výbory, jež fakticky tvoří součást Výboru stálých zástupců (Coreper), a v nichž jsou zastoupeny všechny členské státy, na vyšších pozicích reprezentanty tzv. stálého zastoupení v Bruselu. Rada na úrovni ministrů zasedá v příslušné formaci, jichž v současnosti (po vstupu Lisabonské smlouvy v platnost) existuje deset. Pokud Rada dospěje do fáze, kdy je připravena završit své první čtení, hlasuje zpravidla kvalifikovanou většinou.
Druhé čtení v Evropském parlamentu (stejně jako druhé čtení v Radě) se od prvního liší tím, že zainteresované instituce už jsou s projednávanou problematikou relativně obeznámeny, což jim umožňuje soustředit se primárně na sporné body.
Evropský parlament má v zásadě tři možnosti. Zaprvé, nevyjádřit se nebo naopak explicitně přijmout společný postoj Rady. Pakliže tak učiní, odpovídá nová legislativa právě společnému postoji. Druhou možností je zamítnutí společného postoje absolutní většinou (většinou všech poslanců Evropského parlamentu). Zdaleka nejčastější je třetí eventualita: přijetí pozměňovacích návrhů společného postoje absolutní většinou.
Je-li završení druhého čtení v Evropském parlamentu úspěšné, resp. instituce přijme ve stanovené lhůtě dokument, jenž předpokládá další projednání, má Rada dvě možnosti. Zaprvé, souhlasit s verzí legislativního návrhu, jíž přijal Evropský parlament, a to buď kvalifikovanou většinou, pakliže Komise podpoří změny zanesené Evropským parlamentem, nebo jednomyslně, je-li Komise opačného názoru. Druhou možností je zamítnutí textu Evropského parlamentu, a tedy svolání tzv. dohodovacího výboru.
Do dohodovacího výboru delegují Rada i Evropský parlament stejný počet svých zástupců. Cílem je za mediace Komise dospět k dohodě na výsledné podobě legislativy. Zástupci Rady o ní hlasují kvalifikovanou většinou, reprezentanti Evropského parlamentu většinou prostou. Následně je nutné schválení téhož textu Evropským parlamentem i Radou jako takovými. Evropský parlament rozhoduje (relativní) většinou odevzdaných hlasů, Rada většinou kvalifikovanou.
